Please use this identifier to cite or link to this item: http://dx.doi.org/10.25673/109902
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.refereeSippl, Wolfgang-
dc.contributor.refereeHoll, Ralph-
dc.contributor.refereeNicolaes, Gerry-
dc.contributor.authorBülbül, Emre Fatih-
dc.date.accessioned2023-08-08T12:56:23Z-
dc.date.available2023-08-08T12:56:23Z-
dc.date.issued2023-
dc.identifier.urihttps://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/111857-
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.25673/109902-
dc.description.abstractComputer-aided drug design (CADD) techniques are used nowadays to design novel compounds in a faster and cheaper way than in previous periods. In the current work, CADD methods were used to identify and develop novel compounds that are both potent and selective against two groups of zinc-dependent enzymes: histone deacetylase (HDAC) and UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoylyl)-N-acetylglucosamine deacetylase (LpxC). Molecular docking, binding free energy calculations, and MD simulations were used to rationalize the binding mode of the compounds and to support the chemical optimization. The results obtained in the current work illustrates how structure-based drug design (SBDD) methods can be used to design potent and selective zinc-dependent enzyme inhibitors and to accelerate drug discovery projects.eng
dc.description.abstractCADD-Techniken (Computer-gestütztes Wirkstoffdesign) werden heutzutage verwendet, um neuartige Inhibitoren schneller und kostengünstiger zu entwickeln als in früheren Phasen. Die CADD-Methoden wurden angewendet, um wirksame und selektive neue Inhibitoren gegen zwei Familien zinkabhängiger Enzyme vorzuschlagen; Histone Deacetylasen und UDP-3-O-(R-3-Hydroxymyristoylyl)-N-Acetylglucosamin-Deacetylase (LpxC). Das molekulare Docking, Berechnungen der freien Bindungsenergie (BFE) und Molekulardynamiksimulationen (MD) wurden verwendet, um die Projekte zu voranzutreiben. Diese Ergebnisse der vorliegenden Arbeit veranschaulichen, wie Methoden des strukturbasierten Wirkstoffdesigns (SBDD) verwendet werden können, um wirksame und selektive zinkabhängige Enzyminhibitoren zu entwickeln und die Projekte zu beschleunigen.ger
dc.format.extent1 Online-Ressource (xx, 131 Seiten)-
dc.language.isoeng-
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/-
dc.subject.ddc610-
dc.titleStructure-based design of inhibitors of the zinc-dependent enzymes histone deacetylase (HDAC) and UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoylyl)-N-acetylglucosamine deacetylase (LpxC)eng
dcterms.dateAccepted2023-06-21-
dcterms.typeHochschulschrift-
dc.typePhDThesis-
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:3:4-1981185920-1118579-
local.versionTypepublishedVersion-
local.publisher.universityOrInstitutionMartin-Luther-Universität Halle-Wittenberg-
local.subject.keywordsComputer-aided drug design (CADD) techniques are used nowadays to design novel compounds in a faster and cheaper way than in previous periods. In the current work, CADD methods were used to identify and develop novel compounds that are both potent and selective against two groups of zinc-dependent enzymes: histone deacetylase (HDAC) and UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoylyl)-N-acetylglucosamine deacetylase (LpxC). Molecular docking, binding free energy calculations, and MD simulations were used to rationalize the binding mode of the compounds and to support the chemical optimization. The results obtained in the current work illustrates how structure-based drug design (SBDD) methods can be used to design potent and selective zinc-dependent enzyme inhibitors and to accelerate drug discovery projects.-
local.subject.keywordsCADD-Techniken (Computer-gestütztes Wirkstoffdesign) werden heutzutage verwendet, um neuartige Inhibitoren schneller und kostengünstiger zu entwickeln als in früheren Phasen. Die CADD-Methoden wurden angewendet, um wirksame und selektive neue Inhibitoren gegen zwei Familien zinkabhängiger Enzyme vorzuschlagen; Histone Deacetylasen und UDP-3-O-(R-3-Hydroxymyristoylyl)-N-Acetylglucosamin-Deacetylase (LpxC). Das molekulare Docking, Berechnungen der freien Bindungsenergie (BFE) und Molekulardynamiksimulationen (MD) wurden verwendet, um die Projekte zu voranzutreiben. Diese Ergebnisse der vorliegenden Arbeit veranschaulichen, wie Methoden des strukturbasierten Wirkstoffdesigns (SBDD) verwendet werden können, um wirksame und selektive zinkabhängige Enzyminhibitoren zu entwickeln und die Projekte zu beschleunigen.-
local.subject.keywordsComputer-aided drug design, zinc-dependent enzymes, HDAC, LpxC, tcDAC2, molecular docking, molecular dynamics, binding free energy calculations-
local.subject.keywordscomputer gestütztes wirkstoff design, zinc-abhängig enzyme, HDAC, LpxC, tcDAC2, molekular docking, molekular dynamische simulation, binding free energy calculations-
local.openaccesstrue-
dc.identifier.ppn1853242225-
local.publication.countryXA-DE-
cbs.sru.importDate2023-08-08T12:55:23Z-
local.accessrights.dnbfree-
Appears in Collections:Interne-Einreichungen

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Dissertation_MLU_2023_BuelbuelEmreFatih.pdf5.61 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open