https://opendata.uni-halle.de//handle/497920112/159876 Sun, 12 Apr 2026 04:16:08 GMT 2026-04-12T04:16:08Z https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35898 Title: Strukturelle und funktionelle Analyse des mRNA-3‘-Prozessierungs-Komplexes Author(s): Tüting, Christian Abstract: Während der Reifung von mRNA wird diese am 3‘-Ende gespalten und polyadenyliert. Dieser Prozess wird von einem Multiproteinkomplex katalysiert. In dieser Arbeit wurden die bisher bekannten und an der mRNA-3‘-Prozessierung beteiligten Proteinkomplexe gereinigt, biochemisch charakterisiert und mittels cross-linking und Massenspektrometrie strukturell untersucht. Die erhaltenen Strukturinformationen wurde genutzt, um durch computergestützte Proteinstrukturvorhersage Strukturmodelle der Proteinkomplexe von CFII, CstF und dem Endonuklease-Komplex zu erstellen. Darüber hinaus wurden die rekombinanten Proteinkomplex in pulldown-Experimenten genutzt, um unbekannte Proteine und Interaktionspartner zu identifizieren. Hierbei konnte viele an der mRNA-Prozessierung, -Qualitätskontrolle und -Export beteiligten Proteinkomplexe erfasst werden.; During maturation of mRNA, it is cleaved at the 3' end and polyadenylated. This process is catalyzed by a multiprotein complex. In this work, the previously known protein complexes involved in mRNA 3' processing were purified, biochemically characterized, and structurally investigated by cross-linking and mass spectrometry. The structural information obtained was used to generate structural models of the protein complexes of CFII, CstF, and the endonuclease complex by computer-assisted protein structure prediction. Also, the recombinant protein complexes were used in pulldown experiments to identify unknown proteins and interaction partners. Here, many protein complexes involved in mRNA processing, quality control, and export could be detected. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35898 2020-01-01T00:00:00Z https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35512 Title: IGF2BP1 is the first positive marker for anaplastic thyroid carcinoma and an enhancer of a targetable gene expression signature Author(s): Haase, Jacob Abstract: Das anaplastische Schilddrüsenkarzinom (ATC) stellt immer noch eine Ausschlussdiagnose und das Malignom der Schilddrüse dar, welches am häufigsten zum Tode führt. Bisher sind keine Marker für eine eindeutige Diagnose und gezielte Therapien bekannt. Mittels retrospektiver Studie wird in dieser Arbeit das onkofötale IGF2 mRNA-Bindeprotein 1 (IGF2BP1) als erster Marker für das ATC beschrieben, um es eindeutig von anderen Malignomen der Schilddrüse zu unterscheiden. Weiterhin wird durch in vitro- und in vivo-Studien experimentell das onkogene Potenzial von IGF2BP1 als posttranskriptioneller Verstärker MYC-abhängiger Genexpression belegt. Dieser Wirkmechanismus stellt die Grundlage für eine gezielte Therapieoption durch BET-Inhibitoren dar. In vitro-Analysen solcher Inhibitoren untermauern ABBV-075 als hoch effiziente Option für ATC-Therapien dar. Eine Kombination von ABBV-075 mit einem Inhibitor gegen IGF2BP1 (BTYNB) in Synergie stellte sich als noch wirkungsvollere Strategie heraus.; Anaplastic thyroid carcinoma (ATC), still a diagnosis of exclusion, is the most lethal malignancy of the thyroid. Selective markers and drivers remain unknown, inhibiting advances in reliable diagnosis and treatment. In a retrospective study, this thesis unravels that the oncofetal IGF2 mRNA binding protein 1 (IGF2BP1) is the first exclusive marker for ATC, reliably distinguishing from other malignancies of the thyroid. Beyond its marker potential, IGF2BP1 is an oncogenic driver in ATC-derived cells, promoting rapid, invasive growth in vivo and in vitro. IGF2BP1 acts as a post-transcriptional enhancer of MYC-driven gene expression, providing a rationale for effective impairment by BET-inhibitors currently under FDA-evaluation. Comparative analyses of potency and efficacy suggest ABBV-075 as highly efficient first-line treatment option in ATC therapy. A combination of ABBV-075 with direct inhibition of IGF2BP1-function by BTYNB even further proves as a promising treatment strategy with synergistic effect. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35512 2020-01-01T00:00:00Z https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35511 Title: Metabolic flux analysis for biosynthesis of volatile terpenoids in model Lamiaceae plants Author(s): Koley, Somnath Abstract: Essentielle Öle von Laminaceen haben eine wirtschaftliche Bedeutung auf Grund ihres hohen Gehaltes an Terpenen die in den Trichomen produziert werden. Wenig verstanden wird bislang die Regulation der Biosynthese dieser Terpene. Diese Regulation wurde in der vorliegenden Studie mittels Metabolischer Flussanalyse (MFA) in Pfefferminze und Oregano untersucht. Die Flussanalyse ergab einen Beitrag des Mevalonat Biosynthese Weges zur Monoterpensynthese und einen Beitrag des “Nicht-Mevalonat” Weges zur Sequiterpensythese. Diese Interaktion der Stoffwechselwege zur Synthese von Mono und Sequiterpenen konnte quantifiziert werden. Gleichzeitig wurde die Wichtigkeit des oxidativen Pentosephosphatweges über die Bereitstellung von Reduktionsäquivalenten und RuBisCo zur effizienten CO2 Refixierung nachgewiesen. Diese Studie stellt einen Beitrag zum “metabolic engeneering” dieser Stoffwechselwege dar, da es “bottlenecks” in diesen Synthesewegen aufzeigt.; Essential oil of Lamiaceae plants has commercial value due to the enrichment of volatile terpenes in trichomes. However, overall metabolic regulation for the production of these volatile compounds is still not fully understood. The present study was to investigate the metabolism towards terpene production in trichomes which was achieved by performing metabolic flux analysis (MFA) in peppermint and oregano. The flux analysis provided evidence for the contribution of the alternate mevalonate route to monoterpene production and non-mevalonate route to sesquiterpene production, and quantified the cross-talk between non-mevalonate and mevalonate route. In addition, MFA supported a prominent role for the oxidative pentose phosphate pathway in providing reductants for terpene biosynthesis and RuBisCO in refixing CO2 thereby contributing to the carbon use efficiency in peppermint trichomes. This study can advance the metabolic engineering of this cell by uncovering the metabolic bottlenecks in the precursor pathways for further increasing the productivity of these high value compounds. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35511 2020-01-01T00:00:00Z https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35482 Title: Structural and functional characterization of a major facilitator superfamily multidrug resistance transporter (MdfA) from Escherichia coli : [kumulative Dissertation] Author(s): Nagarathinam, Kumar Abstract: Eine Hauptursache für Multidrug-resistenz (MDR) ist der aktive Export von antibiotics. MdfA ist ein gut charakterisierter H+/Multidrug-Antiporter aus Escherichia coli. MdfA besitzt funktionelle Elemente, die in anderen MFS-MDR-Antiportern konserviert sind, welche ihn zu einem geeigneten Modell für die Untersuchung des Effluxtransports macht. In dieser Arbeit beschreiben wir den Prozess der Erzeugung gut geordneter MdfA-F(ab)-Kristalle mit Hilfe der kubischen Lipidphase-Methode. Unter Verwendung dieser Methode bestimmen wir die Struktur von MdfA in einem nach außen offenen (Oo) Zustan. Der Vergleich der Oo-Struktur von MdfA mit der veröffentlichten nach innen offenen (IF) Struktur zeigt zwei signifikante strukturelle Unterschiede um die hochkonservierten Motive B und C. Die strukturellen Unterschiede eignen sich zur Bestimmung eines Konformationswechselmechanismus, der als Vorlage für das Verständnis des Arzneimitteleffluxes in anderen Antiportern vom MFS-MDRTyp dienen kann.; A principle cause of Multidrug resistance (MDR) in bacteria is active efflux of antibiotics. MdfA, a well-characterized H+/multidrug antiporter from Escherichia coli possesses functional elements conserved in other MFS-MDR antiporters making it a model character to study efflux transport. In this work, we describe the process involved in generating well-ordered MdfA-F(ab) crystals using the lipidic cubic phase method and have determined the structure of MdfA in an outward-open (Oo) state. Comparing the Oo structure of MdfA with the published inward-facing (IF) structure reveals two significant structural differences around the highly conserved motif-B and motif-C. The structural differences lend themselves to describe a conformational switching mechanism which may serve as a template to understand drug efflux in other MFS-MDR type antiporters. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35482 2020-01-01T00:00:00Z